Сериал «Первый отдел» — это история о следователе, который пытается собрать свою жизнь по кусочкам. Брагин думал, что худшее уже позади, когда дело против его жены прекратили. Но ощущение, что настоящий преступник где-то на свободе, не даёт ему покоя и отравляет каждый спокойный день.

Вернувшись на службу, он обнаруживает, что его прежней должности больше нет. Вместо этого его отправляют разбирать архив в одном из районных отделов Петербурга. Среди пыльных папок и забытых протоколов он натыкается на странный факт. Предыдущий сотрудник этого кабинета не уволился, а бесследно пропал, и это никого особенно не взволновало.

То, что начиналось как скучная бумажная работа, постепенно затягивает Брагина в водоворот. Он понимает, что исчезновение коллеги как-то связано с одним из старых дел, которое теперь лежит перед ним. Расследование архивной истории неожиданно становится опасным путешествием в прошлое, где каждая найденная деталь ставит под удар его настоящее.